В 1894 г. при Ученом комитете Министерства земледелия и государственных имуществ Российской империи было организовано Бюро по прикладной ботанике. В 1917 г. Бюро было преобразовано в Отдел прикладной ботаники и селекции, в 1924 г. – во Всесоюзный институт прикладной ботаники и новых культур (с 1930 г. Всесоюзный институт растениеводства), а в 1992 г. – во Всероссийский НИИ растениеводства им. Н.И. Вавилова. Имя академика Н.И. Вавилова был о присвоено институту в 1967 г. В 1994 г. постановлением Правительства РФ институту присвоен статус Государственного научного центра РФ. Приказом ФАНО России от 12 августа 2014 г. институт переименован в Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Всероссийский научно-исследовательский институт растениеводства имени Н.И. Вавилова». После завершения мероприятий по реорганизации ФГБНУ «Всероссийский научно-исследовательский институт растениеводства имени Н.И. Вавилова» на основании приказа ФАНО от 31 декабря 2014 г. №1417 Учреждение получило наименование ФГБНУ «Федеральный исследовательский центр Всероссийский институт генетических ресурсов растений имени Н.И. Вавилова», сокращенное название – ВИР.