- Отдел генетических ресурсов пшениц
- Отдел генетических ресурсов овса, ржи и ячменя
- Отдел генетических ресурсов крупяных культур
- Отдел генетических ресурсов зерновых бобовых культур
- Отдел генетических ресурсов масличных и прядильных культур
- Отдел генетических ресурсов картофеля
- Отдел генетических ресурсов овощных и бахчевых культур
- Отдел генетических ресурсов плодовых культур
- Лаборатория молекулярной селекции и ДНК-паспортизации
- Лаборатория мониторинга генетической эрозии растительных ресурсов
- Лаборатория длительного хранения генетических ресурсов растений
- Лаборатория постгеномных исследований
- ЦКП “Лаборатория искусственного выращивания и оздоровления генофонда растений”
- ЦКП по производству дигаплоидных линий
- Отдел автоматизированных информационных систем генетических ресурсов растений
- Отдел агроботаники и in situ сохранения генетических ресурсов растений
- Отдел интродукции
- Отдел биохимии и молекулярной биологии
- Отдел генетики
- Отдел биотехнологии
- Отдел физиологии растений
- Адлерская опытная станция – филиал ВИР
- Астраханская опытная станция – филиал ВИР
- Волгоградская опытная станция – филиал ВИР
- Дагестанская опытная станция – филиал ВИР
- Дальневосточная опытная станция – филиал ВИР
- Екатерининская опытная станция – филиал ВИР
- Кубанская опытная станция – филиал ВИР
- Кубанский генетический банк семян – филиал ВИР
- Крымская опытно-селекционная станция – филиал ВИР
- Майкопская опытная станция – филиал ВИР
- Полярная опытная станция – филиал ВИР
- НПБ «Пушкинские и Павловские лаборатории ВИР»
- Камчатский НИИСХ – филиал ВИР
- Магаданский НИИСХ – филиал ВИР
- Мурманская ГСХОС – филиал ВИР
- Сахалинский НИИСХ – филиал ВИР
