В середине сентября молодые ученые из разных подразделений ВИР им. Вавилова приняли участие в 12-ой Международной Школе “Системная биология и биоинформатика” SBB-2020
В этом году Школа проходила на базе Никитского ботанического сада – Национального научного центра РАН и Севастопольского государственного университета.
В первые дни ведущие ученые России прочитали “ученикам” лекторий по актуальным проблемам генетики, биоинформатики и биотехнологии растений. Среди выступающих были, в частности, академики РАН Николай Колчанов и Евгений Свердлов; директора ВИР им. Вавилова Елена Хлесткина и Института цитологии и генетики Сибирского отделения РАН Алексей Кочетов, другие ученые. Затем около 100 участников Школы распределились по группам и вместе решали конкретные научные задачи, получая навыки практической работы.
ВИРовцы рассказали, чему научились у ведущих российских биоинформатиков. Самая большая группа – 5 человек из разных подразделений ВИР – участвовала в практических занятиях по тематике «Анализ уровня экспрессии таргетных генов с помощью метода RT-PCR», проводимых Екатериной Водясовой (ФИЦ Институт биологии южных морей им. А. О. Ковалевского РАН).
Основная цель занятий состояла в освоении молекулярно-генетических методов, применяемых в экспериментах по изучению влияния внешних и внутренних факторов на функционирование биологических систем путем анализа отдельных генов или целых комплексов генов. Участники Школы решали задачу по изучению влияния глубокой гипоксии на жизнедеятельность устриц Crassostrea gigas. Программа занятий состояла из трех блоков: выделение РНК с последующей детекцией нуклеиновых кислот, проверка праймеров; синтез кДНК; постановка RT-PCR с последующим анализом данных.»
Такая практик поможет нам изучать влияние различных факторов эндогенного и экзогенного характера на работу генов , – отметила Надежда Тихонова, руководитель отдела генетических ресурсов плодовых культур ВИР. «С помощью метода, которым мы теперь владеем, можно определять, какие гены вовлечены в процесс формирования признака на разных этапах онтогенеза».
Научный сотрудник лаборатории молекулярной селекции и ДНК-паспортизации ВИР им. Вавилова Федор Беренсен, также побывавший на этих практических занятиях, отметил: “Поскольку я работаю в ВИР с различными овощными культурами, то данные знания я планирую применить в своей исследовательской работе для углубленного анализа экспрессии генов и одиночных нуклеотидных замен (SNP), а также для обнаружения патогенов. Эта информация крайне важна для полноценной оценки образцов коллекции ВИР.” Все ВИРовцы выбирали занятия целевым образом- для реального и конкретного применения в работе.
Старший научный сотрудник лаборатории постгеномных исследований ВИР Ксения Стрыгина училась у Вениамина Фишмана (Институт цитологии и генетики Сибирского отделения РАН). “Школьники” приготовили библиотеки и провели секвенирование геномной ДНК генетически модифицированных мышей с помощью секвенатора The Oxford Nanopore MinION. В ходе биоинформатической части молодые ученые научились обрабатывать результаты секвенирования, определили структуру трансгена и выявили сайт его интеграции. “До этого я не имела дела с секвенированием третьего поколения, и эта практика стала очень полезной. Я научилась работать в командной строке и анализировать полученные риды. С учетом того, что у нас в институте есть такой секвенатор, мы можем изучать Вавиловскую коллекцию совершенно с другой стороны. Такое секвенирование позволяет получать длинные риды, что незаменимо при сборке геномов растений, которые состоят из повторов”, – рассказала Ксения.
Напомним, что директор ВИР им. Вавилова Елена Хлесткина в лекции на Школе рассматривала рациональное управление генетической информацией биоресурсных коллекций в эпоху цифровизации и постгеномных исследований. Подробнее можно прочитать здесь
Фотографии предоставлены участниками мероприятия
